Diez años después de la restauración Meiji en 1879, un joven llamado Himura Kenshin llegó a Tokyo. Era un vagabundo, merodeando por todo el país. Una espada invertida y una cicatriz en forma de x en su rostro eran todo lo que llevaba consigo. En su viaje encontró a una joven llamada Kamiya Kaoru. El padre de Kaoru era un maestro espadachín, que murió en la guerra civil, dejándola sola a cargo de su dojo. Kenshin la ayudó a salvar el dojo de manos de unos criminales y ella le pidió que se quedara. Kenshin, cansado de vagar, aceptó. En su estadía se hizo amigo de un joven llamado Sanosuke y de un niño llamado Yahiko. En el dojo, Kenshin, Kaoru, Sanosuke y Yahiko desarrollaron una estrecha relación, como miembros de una familia que no pueden ser separados. Pero el pasado de Kenshin no lo dejaba estar en paz. Antes de la era Meiji, Kenshin era un asesino político bajo el nombre de Hitokiri Battosai. Kenshin había escogido ese camino para acabar con los políticos corruptos del gobierno Bakufu, mientras formaba parte de la reforma. Asesinó cuanto encontró en su camino hasta que la reforma ganó una absoluta ventaja sobre el Bakufu, entonces desapareció repentinamente. Cuando sus camaradas se hicieron ricos y poderosos en el gobierno Meiji, Kenshin se convirtió en un Rurouni, un vagabundo. Los eventos y personas del pasado persiguieron a Kenshin de tiempo en tiempo. Asesinos políticos, maestros de artes marciales, enemigos de Bakufu, ninjas Onmitsu y oficiales de la armada Meiji se acercaban a Kenshin por diferentes razones. Algunos querían acabar con él, otros querían que volviera a trabajar para el gobierno. Pero no fue hasta que uno de los tres líderes de la revolución fue asesinado que Kenshin decidió partir hacia Kyoto. La integridad de su nación estaba en peligro y Kenshin no podía escapar de lo que consideraba su responsabilidad. Dejando a las personas que amaba, comenzó su viaje hacia Kyoto